Karadeniz Teknik Üniversitesi'nin çekirdeğini oluşturan fakültelerden biri olan Mühendislik Fakültesi'nin bünyesinde bulunan bölümlerle ilgili ilk fakülteler 9 Eylül 1963 tarihinde, İnşaat-Mimarlık Fakültesi, Makina-Elektrik Fakültesi ve Yer Bilimleri Fakültesi adlarıyla kurulmuştur.

Karadeniz Teknik Üniversitesi merkez kampüsü içerisinde bulunan yukarıdaki üç fakülte, 4.11.1981 tarih ve 2547 Sayılı Yükseköğretim kanunu ve 20.07.1982 tarih ve 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname uyarınca,Mühendislik-Mimarlık Fakültesi olarak birleştirilmiştir. Kuruluşunda İnşaat, Mimarlık, Makina, Elektrik, Jeoloji, Jeodezi ve Jeofizik olmak üzere 7 bölümü olan Mühendislik-Mimarlık Fakültesi, daha sonraları açılan Maden, Bilgisayar, İç Mimarlık, Endüstri, Metalurji ve Malzeme, Şehir ve Bölge Planlama ile birlikte 13 bölümden oluşmaktaydı.

Bakanlar Kurulu'nun 04.07.2005 tarih ve 9127 Sayılı kararı ile Mühendislik-Mimarlık Fakültesi kapatılarak, Mühendislik Fakültesi ve Mimarlık Fakültesi olarak yapılandırılmıştır. Günümüz itibariyle Mühendislik Fakültesi 10 bölümden oluşmaktadır. Bilgisayar, Makina, Harita ve Elektrik-Elektronik Mühendisliği Bölümlerinde ikili öğretim yapılmaktadır.