Karadeniz Teknik Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü 04.11.1981 tarihli 2547 Sayılı YÖK Kanunun 19. Maddesi kapsamında 20.07.1982 tarihinde yayımlanan 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin 28/7 maddesi gereğince kurulmuş ve 28.03.1983 tarih ve 2809 sayılı kanun ile de kanunlaşmıştır.

Enstitüde yürütme görevini yapan Enstitü Yönetim Kurulu, Enstitü Müdürü, müdür yardımcıları ve enstitü kurulunca seçilmiş olan üç öğretim üyesi olmak üzere altı üyeden oluşmaktadır. Enstitü müdürünün başkanlığını yaptığı Enstitü Kurulu ise enstitü müdür yardımcıları ile anabilim dalları başkanlarından oluşmakta ve üst akademik organ olarak Yüksek Öğretim Kanunu ile fakülte kurullarına verilmiş olan görevleri enstitü bakımından yerine getirmektedir. Fen Bilimleri Enstitüsü’nde toplam 30 anabilim dalı mevcuttur. Bunlar; Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği, Bilgisayar Mühendisliği, Biyoloji, Çevre Bilimleri, Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği, Elektrik-Elektronik Mühendisliği, Endüstri Mühendisliği, Fizik, Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Mühendisliği, Harita Mühendisliği, İç Mimarlık, İnşaat Mühendisliği, İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri, Jeofizik Mühendisliği, Jeoloji Mühendisliği, Kimya, Lif ve Kağıt Teknolojisi, Maden Mühendisliği, Makine Mühendisliği, Matematik, Metalürji ve Malzeme Mühendisliği, Mimarlık, Orman Endüstri Mühendisliği, Orman Mühendisliği, Peyzaj Mimarlığı, Şehir ve Bölge Planlama, Yaban Hayatı Ekolojisi ve Yönetimi, Moleküler Biyoteknoloji, Taşınmaz Değerleme ve Geliştirme (II. Öğretim Tezsiz Yüksek Lisans), İş Sağlığı ve Güvenliği (Uzaktan Öğretim Tezsiz Yük.Lisans)' dir.

Yüksek Lisans derecesi bu Anabilim dallarının tamamında,  Doktora Derecesi ise İnşaat Müh., Makine Müh., Maden Müh., Elektrik-Elektronik Müh., Bilgisayar Müh., Harita Müh., Jeoloji Müh., Jeofizik Müh., Orman Müh., Orman Endüstri Müh., Lif ve Kağıt Teknolojisi, Balıkçılık Teknolojisi Müh., Mimarlık, Peyzaj Mimarlığı, Fizik, Matematik, Biyoloji, Kimya ve İstatistik ve Bilgisayar Bilimleri, Gemi İnşaatı ve Gemi Makineleri Müh. ve Metalürji ve Malzeme Müh. Anabilim dallarında olmak üzere toplam 21 Anabilim dalında verilmektedir. Öğrencilerinin tamamladıkları lisansüstü tezlerde daima akademik ve bilimsel mükemmeliyet, yüksek kalite arayan enstitümüz, hızlı bir gelişme içindedir.

Enstitümüzde lisansüstü eğitim yapmak isteyen öğrencilerin yeterli düzeyde İngilizce bilmeleri gerekmektedir. Yeterli düzeyde İngilizce bilmeyen öğrenciler, seviyelerine bağlı olarak, bir veya iki yarıyıl süreyle enstitümüzce İngilizce hazırlık kursuna tabi tutulmaktadır.