Biyoenformatik Anabilim Dalı

Biyoenformatik, çeÅŸitli büyük veri datalarının derlenerek aralarındaki iliÅŸkilerin analizi için, çeÅŸitli algoritmaları ve yöntemleri kapsayan disiplinlerarası (interdisipliner) bir bilim alanıdır. Biyoenformatik, biyolojik deneyler ve gözlemsel çalışmalardan elde edilen verilerin yönetimi, depolanması, analizi ve yorumlanmasına olanak saÄŸlamak amacıyla moleküler biyoloji, genetik, ekoloji/populasyon genetiÄŸi protein mühendisliÄŸi, tıp, mühendislik, farmasötik kimya, biyoistatistik ve bilgisayar bilim dallarını içermektedir (Åžekil 1). Bu farklı disiplinlerarası bilim dallarının birbirleri arasındaki entegrasyonu sayesinde, bu alanda uygulanacak teknikler ve özellikle büyük ölçekteki biyolojik verilerin yönetim ve analizler amacıyla ileri düzey istatistiksel yöntemler geliÅŸtirir.

Şekil 1. Biyoenformatik bilim dalının diğer bilim dalları ile olan ilişkisi

PROJE BÄ°LGÄ°LERÄ° 

Bilgisayar Destekli Ä°laç Tasarımı Yöntemleri ile Yeni BCR-ABL Tirozin Kinaz Ä°nhibitörlerinin GeliÅŸtirilmesi (2022-…) (YükseköÄŸretim Kurumları Destekli Proje)

Sortaz A enzimine yönelik yeni antimikrobiyal inhibitörlerin moleküler modelleme yöntemleri ile geliÅŸtirilmesi (2020-2022) (Türkiye SaÄŸlık Enstitüleri BaÅŸkanlığı (TÜSEB) Projesi)

Antidiyabetik Ajan Olarak alfa-Glukozidaz ve Ppar-gama'ya Karsı Kalkon, Pirazol, Izoksazol ve Hidrazon Gruplarına Sahip Yeni Moleküllerin Tasarımı, Moleküler Modelleme Çalısmaları ve in vitro Aktivitelerinin Incelenmesi (2021-2023) (TÜBÄ°TAK Projesi)

COVID-19’a Karşı Peptit Temelli Aşı AraÅŸtırma ve GeliÅŸtirme Çalışmaları (2020-2021) (Türkiye SaÄŸlık Enstitüleri BaÅŸkanlığı (TÜSEB) Projesi)

YAYIN BÄ°LGÄ°LERÄ°

• Djafarou, S., Mermer, A., Barut, B., Tatar Yılmaz, G., Khodja, I. A., & Boulebd, H., (2023). Synthesis and evaluation of the antioxidant and anti-tyrosinase activities of thiazolyl hydrazone derivatives and their application in the anti-browning of fresh-cut potato. FOOD CHEMISTRY , no.414, 135745.
• Çelik, G., Tatar Yılmaz, G., Åžahin, H., Barut, B., & Yaylı, N., (2023). Design, synthesis, and enzyme inhibition evaluation of some novel Mono- and Di-O-ß-D-Glycopyranosyl Chalcone analogues with molecular docking studies . TURKISH JOURNAL OF CHEMISTRY , vol.47, no.1, 171-184.
• TOK, F., KÜÇÜKAL, B., BALTAÅž, N., TATAR YILMAZ, G.,  & KAYMAKÇIOÄžLU, B., (2022). Synthesis of novel thiosemicarbazone derivatives as antidiabetic agent with enzyme kinetic studies and antioxidant activity.  PHOSPHORUS SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS , vol.197, no.12, 1284-1294.     
• Tatar, G., Salmanli, M., Dogru, Y., & Tuzuner, T., (2022). Evaluation of the effects of chlorhexidine and several flavonoids as antiviral purposes on SARS-CoV-2 main protease: molecular docking, molecular dynamics simulation studies.. Journal of biomolecular structure & dynamics , vol.40, no.17, 7656-7665.         
• TOK, F., BALTAÅž, N., TATAR YILMAZ, G., & KAYMAKÇIOÄžLU, B., (2022). Synthesis, Biological Evaluation and in Silico Studies of New Pyrazoline Derivatives Bearing Benzo[d]thiazol-2(3H)-one Moiety as Potential Urease Inhibitors. CHEMISTRY & BIODIVERSITY , vol.19, no.3.
• Tatar, G., & Taskin, T., (2022). Structure prediction of eukaryotic elongation factor-2 kinase and identification of the binding mechanisms of its inhibitors: homology modeling, molecular docking, and molecular dynamics simulation. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.40, no.24, 13355-13365.
• Mermer, A., Demirci, S., & TATAR, G., (2022). Synthesis of novel pancreatic lipase inhibitors: Biological investigation and in silico studies. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.40, no.2, 931-940.
• Kursun Aktar, B. S., Sicak, Y., TATAR YILMAZ, G.,  & Oruc-Emre, E. E., (2022). Synthesis of benzoyl hydrazones having 4-hydroxy-3,5-dimethoxy phenyl ring, their biological activities, and molecular modeling studies on enzyme inhibition activities.  TURKISH JOURNAL OF CHEMISTRY , vol.46, 236-252.     
• SALMANLI, M., Yilmaz, G. T.,  & TÜZÜNER, T., (2021). Investigation of the antimicrobial activities of various antimicrobial agents on Streptococcus Mutans Sortase A through computer-aided drug design (CADD) approaches.  COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE , vol.212.
• Yaylı, N., Kılıç, G., Kahriman, N., Kanbolat, Åž., Bozdeveci, A., Alpay KaraoÄŸlu, Åž.,  ... AliyazıcıoÄŸlu, R.(2021). Synthesis, biological evaluation (antioxidant, antimicrobial, enzyme inhibition, and cytotoxic) and molecular docking study of hydroxy methoxy benzoin/benzil analogous.  BIOORGANIC CHEMISTRY , vol.115. 
• Guler, H. Ä°., Tatar, G., Yildiz, O., Belduz, A. O.,  & Kolayli, S., (2021). Investigation of potential inhibitor properties of ethanolic propolis extracts against ACE-II receptors for COVID-19 treatment by molecular docking study.  ARCHIVES OF MICROBIOLOGY , vol.203, no.6, 3557-3564.           
• Tatar, G., Ozyurt, E.,  & Turhan, K., (2021). Computational drug repurposing study of the RNA binding domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein with antiviral agents.  BIOTECHNOLOGY PROGRESS , vol.37, no.2.  
• Secinti, B. B., Tatar, G.,  & Tok, T. T., (2019). Determination of potential selective inhibitors for ROCKI and ROCKII isoforms with molecular modeling techniques: structure based docking, ADMET and molecular dynamics simulation.  JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.37, no.9, 2457-2463.                                        
• KARAKUÅž, S., TOK, F., Tuerk, S., ÅžALVA, E., Tatar, G., Taskin-Tok, T.,  ... Kocyigit-Kaymakcioglu, B.(2018). Synthesis, anticancer activity and ADMET studies of N-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)-4-[(3-substituted)ureido/thioureido] benzenesulfonamide derivatives.  PHOSPHORUS SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS , vol.193, no.8, 528-534.     
• Tatar, G.,  & Tok, T., (2016). Clarification of Interaction Mechanism of Mouse Hepatitis Virus (MHV) N and nsp3 Protein with Homology Modeling and Protein-Protein Docking Analysis..  Current computer-aided drug design .               
• BerberoÄŸlu, Ä°. N., Tatar Yılmaz, G.,  & Tüzüner, T., (2023). DiÅŸ HekimliÄŸine Yönelik Antimikrobiyal Ajanların GeliÅŸtirilmesinde Bilgisayar Destekli Ä°laç Tasarımının Rolü.  Türkiye Klinikleri DiÅŸ HekimliÄŸi Bilimleri Dergisi , vol.1, no.1, 41-44.             
• Tatar Yılmaz, G.,  & Aktar, B. S. K., (2021). Bazı Kalkonların COVID-19 Tedavisine Yönelik SARS-CoV-2 Ana Proteaza BaÄŸlanma Mekanizmasının Moleküler Kenetleme Yaklaşımı ile Aydınlatılması.  International journal of advances in engineering and pure sciences (Online) , vol.33, no.4, 660-669.