Araştırma Üniversitesi
Anasayfa
İletişim
Mezun
Sanal Kampüs

biyoenformatik

Biyoenformatik Anabilim Dalı

Biyoenformatik, çeşitli büyük veri datalarının derlenerek aralarındaki ilişkilerin analizi için, çeşitli algoritmaları ve yöntemleri kapsayan disiplinlerarası (interdisipliner) bir bilim alanıdır. Biyoenformatik, biyolojik deneyler ve gözlemsel çalışmalardan elde edilen verilerin yönetimi, depolanması, analizi ve yorumlanmasına olanak sağlamak amacıyla moleküler biyoloji, genetik, ekoloji/populasyon genetiği protein mühendisliği, tıp, mühendislik, farmasötik kimya, biyoistatistik ve bilgisayar bilim dallarını içermektedir (Şekil 1). Bu farklı disiplinlerarası bilim dallarının birbirleri arasındaki entegrasyonu sayesinde, bu alanda uygulanacak teknikler ve özellikle büyük ölçekteki biyolojik verilerin yönetim ve analizler amacıyla ileri düzey istatistiksel yöntemler geliştirir.

 

Şekil 1. Biyoenformatik bilim dalının diğer bilim dalları ile olan ilişkisi

PROJE BİLGİLERİ 

Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımı Yöntemleri ile Yeni BCR-ABL Tirozin Kinaz İnhibitörlerinin Geliştirilmesi (2022-…) (Yükseköğretim Kurumları Destekli Proje)

Sortaz A enzimine yönelik yeni antimikrobiyal inhibitörlerin moleküler modelleme yöntemleri ile geliştirilmesi (2020-2022) (Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Projesi)

Antidiyabetik Ajan Olarak alfa-Glukozidaz ve Ppar-gama'ya Karsı Kalkon, Pirazol, Izoksazol ve Hidrazon Gruplarına Sahip Yeni Moleküllerin Tasarımı, Moleküler Modelleme Çalısmaları ve in vitro Aktivitelerinin Incelenmesi (2021-2023) (TÜBİTAK Projesi)

COVID-19’a Karşı Peptit Temelli Aşı Araştırma ve Geliştirme Çalışmaları (2020-2021) (Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı (TÜSEB) Projesi)

 

YAYIN BİLGİLERİ

  • Djafarou, S., Mermer, A., Barut, B., Tatar Yılmaz, G., Khodja, I. A., & Boulebd, H., (2023). Synthesis and evaluation of the antioxidant and anti-tyrosinase activities of thiazolyl hydrazone derivatives and their application in the anti-browning of fresh-cut potato. FOOD CHEMISTRY , no.414, 135745.
  • Çelik, G., Tatar Yılmaz, G., Şahin, H., Barut, B., & Yaylı, N., (2023). Design, synthesis, and enzyme inhibition evaluation of some novel Mono- and Di-O-ß-D-Glycopyranosyl Chalcone analogues with molecular docking studies . TURKISH JOURNAL OF CHEMISTRY , vol.47, no.1, 171-184.
  • TOK, F., KÜÇÜKAL, B., BALTAŞ, N., TATAR YILMAZ, G.,  & KAYMAKÇIOĞLU, B., (2022). Synthesis of novel thiosemicarbazone derivatives as antidiabetic agent with enzyme kinetic studies and antioxidant activity.  PHOSPHORUS SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS , vol.197, no.12, 1284-1294.     
  • Tatar, G., Salmanli, M., Dogru, Y., & Tuzuner, T., (2022). Evaluation of the effects of chlorhexidine and several flavonoids as antiviral purposes on SARS-CoV-2 main protease: molecular docking, molecular dynamics simulation studies.. Journal of biomolecular structure & dynamics , vol.40, no.17, 7656-7665.         
  • TOK, F., BALTAŞ, N., TATAR YILMAZ, G., & KAYMAKÇIOĞLU, B., (2022). Synthesis, Biological Evaluation and in Silico Studies of New Pyrazoline Derivatives Bearing Benzo[d]thiazol-2(3H)-one Moiety as Potential Urease Inhibitors. CHEMISTRY & BIODIVERSITY , vol.19, no.3.
  • Tatar, G., & Taskin, T., (2022). Structure prediction of eukaryotic elongation factor-2 kinase and identification of the binding mechanisms of its inhibitors: homology modeling, molecular docking, and molecular dynamics simulation. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.40, no.24, 13355-13365.
  • Mermer, A., Demirci, S., & TATAR, G., (2022). Synthesis of novel pancreatic lipase inhibitors: Biological investigation and in silico studies. JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.40, no.2, 931-940.
  • Kursun Aktar, B. S., Sicak, Y., TATAR YILMAZ, G.,  & Oruc-Emre, E. E., (2022). Synthesis of benzoyl hydrazones having 4-hydroxy-3,5-dimethoxy phenyl ring, their biological activities, and molecular modeling studies on enzyme inhibition activities.  TURKISH JOURNAL OF CHEMISTRY , vol.46, 236-252.     
  • SALMANLI, M., Yilmaz, G. T.,  & TÜZÜNER, T., (2021). Investigation of the antimicrobial activities of various antimicrobial agents on Streptococcus Mutans Sortase A through computer-aided drug design (CADD) approaches.  COMPUTER METHODS AND PROGRAMS IN BIOMEDICINE , vol.212.
  • Yaylı, N., Kılıç, G., Kahriman, N., Kanbolat, Ş., Bozdeveci, A., Alpay Karaoğlu, Ş.,  ... Aliyazıcıoğlu, R.(2021). Synthesis, biological evaluation (antioxidant, antimicrobial, enzyme inhibition, and cytotoxic) and molecular docking study of hydroxy methoxy benzoin/benzil analogous.  BIOORGANIC CHEMISTRY , vol.115. 
  • Guler, H. İ., Tatar, G., Yildiz, O., Belduz, A. O.,  & Kolayli, S., (2021). Investigation of potential inhibitor properties of ethanolic propolis extracts against ACE-II receptors for COVID-19 treatment by molecular docking study.  ARCHIVES OF MICROBIOLOGY , vol.203, no.6, 3557-3564.           
  • Tatar, G., Ozyurt, E.,  & Turhan, K., (2021). Computational drug repurposing study of the RNA binding domain of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein with antiviral agents.  BIOTECHNOLOGY PROGRESS , vol.37, no.2.  
  • Secinti, B. B., Tatar, G.,  & Tok, T. T., (2019). Determination of potential selective inhibitors for ROCKI and ROCKII isoforms with molecular modeling techniques: structure based docking, ADMET and molecular dynamics simulation.  JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS , vol.37, no.9, 2457-2463.                                        
  • KARAKUŞ, S., TOK, F., Tuerk, S., ŞALVA, E., Tatar, G., Taskin-Tok, T.,  ... Kocyigit-Kaymakcioglu, B.(2018). Synthesis, anticancer activity and ADMET studies of N-(5-methyl-1,3,4-thiadiazol-2-yl)-4-[(3-substituted)ureido/thioureido] benzenesulfonamide derivatives.  PHOSPHORUS SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS , vol.193, no.8, 528-534.     
  • Tatar, G.,  & Tok, T., (2016). Clarification of Interaction Mechanism of Mouse Hepatitis Virus (MHV) N and nsp3 Protein with Homology Modeling and Protein-Protein Docking Analysis..  Current computer-aided drug design .               
  • Berberoğlu, İ. N., Tatar Yılmaz, G.,  & Tüzüner, T., (2023). Diş Hekimliğine Yönelik Antimikrobiyal Ajanların Geliştirilmesinde Bilgisayar Destekli İlaç Tasarımının Rolü.  Türkiye Klinikleri Diş Hekimliği Bilimleri Dergisi , vol.1, no.1, 41-44.             
  • Tatar Yılmaz, G.,  & Aktar, B. S. K., (2021). Bazı Kalkonların COVID-19 Tedavisine Yönelik SARS-CoV-2 Ana Proteaza Bağlanma Mekanizmasının Moleküler Kenetleme Yaklaşımı ile Aydınlatılması.  International journal of advances in engineering and pure sciences (Online) , vol.33, no.4, 660-669.