Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Bölümünde;  Biyoloji,  Mikrobiyoloji, Kimya,  Balık Hastalıkları ve Viroloji,  Moleküler Biyoloji, Su ürünleri İşleme ve Analiz, Genetik, Toksikoloji, Mikroskop, Fiziksel ve Kimyasal Oşinografi, Av araçları Hazırlama, Bilgisayar  (2 adet, 70 bilgisayar)  Plankton Kültür laboratuarları bulunmaktadır. Ayrıca öğrencilerin uygulamalarda ihtiyaç duyduğu canlı materyali sağlamak, lisans ve lisansüstü çalışmaları yürütmek yetiştiricilik ve işlemeye yönelik araştırmalar yapmak amacıyla Su Ürünleri Yetiştiriciliği Araştırma ve Uygulama Birimi, Su Ürünleri İşleme Ünitesi mevcuttur. Denizcilik uygulamaları için ise Fakültemiz Deniz Ulaştırma İşletme Mühendisliği Bölümü’ne ait Seyir, Gemicilik Laboratuarları ile Simülatör ve Denizde Güvenlik merkezleri kullanılmaktadır. Öğrencilerimize denizde uygulama yaptırmak ve araştırmalar yürütmek  amacıyla da Fakültemize ait bir adet araştırma teknesi ve bir adet araştırma gemisi mevcuttur.